Wenn man die Möglichkeit hat seine eigene Nextcloudinstance zu aktualisieren, ist es mehr zu empfehlen dies über das CommandLineInterface zu machen kurz CLI.
Was wichtig ist, vorher alle Apps zu aktualisieren. Auch über das CLI und anschließend das NC-Update durchführen. Im Grunde ist das nur jeweils eine Zeile die man eingeben muss.
Alle Apps aktualisieren:
sudo -u www-data php /var/www/nextcloud/occ app:update --all
Nextcloud aktualisieren:
sudo -u www-data php /var/www/nextcloud/updater/updater.phar
Die erste Frage beantwortest du mit yes, die zweite mit yes und die dritte mit no.
hier hab ich den update-prozess nochmal ausführlicher beschrieben.